Trong thập niên 1980, Fred Trump trở thành bạn bè với tương lai của Thủ tướng Israel Benjamin Netanyahu, người vào thời điểm đó là Đại sứ Israel đến Liên Hiệp Quốc ở Manhattan. Fred và vợ được tặng một căn hộ trên tầng 63 (thực tế là tầng 55) của Tháp Trump của con trai họ, thứ mà họ hiếm khi sử dụng. Cặp đôi vẫn ở bên nhau cho đến khi Fred qua đời. Ông mắc bệnh Alzheimer trong sáu năm cuối đời và cuối cùng bị bệnh viêm phổi vào tháng 6 năm 1999. Ông được đưa vào Trung tâm Y tế Do Thái Long Island ở Công viên New Hyde, nơi ông qua đời ở tuổi 93 vào ngày 25 tháng 6.  Tài sản của Trump được gia đình ông ước tính ở mức 250 triệu đến 300 triệu đô la. Tang lễ của ông được tổ chức tại Nhà thờ Ngũ hành và thi thể của ông được an táng tại Nghĩa trang Lutheran All Faiths ở Middle Village, Queens. Góa phụ của ông, Mary Trump, qua đời vào mùa hè năm sau, vào ngày 7 tháng 8 năm 2000, tại Công viên New Hyde, New York ở tuổi 88.